祝言をあげたばかりの妻、お蝶（鈴木京香）を置いてけぼりにし、一年にわたる渡世修行 に出かけた駆け出し博徒、次郎長（中井貴一）とその子分たち。 右腕となる軍師的存在、大政（岸部一徳）をはじめ、悪臭を放つ坊主くずれ、法印の大五郎（笹野高史）、意外な素顔を持つご存知、森の石松（温水洋一）、伊達者の美青年、追分政五郎（北村一輝）※ら、旅を重ねるうちに、次郎長の男っぷりに惚れたヤツらが、次々に仲間に加わっていく。 清水に帰還した次郎長は、さらにはお蝶にまでモーションをかけてきた、とんでもないロクデナシ、大野の鶴吉（木下ほうか）まで拾い上げ、やがて東海道中にその名を轟かせるようになる。
しかし、知られれば知られるほど、立ちはだかる敵も増えてくる。甲州で一大勢力を誇る黒駒の勝蔵（佐藤浩市）、石松の宿敵でもある極悪人、三馬政（竹内力）、さらには一家の裏切り者、久六（蛭子能収）らが入り乱れて、大変なことになる。
そんな中、お蝶が病に倒れ、さらにはとんでもない事態までが起こってしまう。絶対絶命のピンチに陥った次郎長。さあ、いったい、どうする？ そして、子分たちが選ぶ運命は？ 次郎長一家は、いよいよ壮絶な闘いを迎えることになる…。
※村上元三原作「次郎長三国志」で登場する“追分三五郎”と“浜松の政五郎”という２人の人物を、本作では“追分政五郎”、通称“小政”という１人の人物として描いている。